Специфика очистки воды из колодцев исходит из открытости данного источника большому количеству загрязнений поступающих извне подземных рек. Это прежде всего повышенная мутность из-за наличия песка и земли в колодце, цветность (перманганатная окисляемость — торфяная вода), а также бактериальное заражение как от непосредственного падения различных предметов и животных в воду колодца, так и попадание вод из переливов рядом стоящих септиков и выгребных ям (в анализе — аммиак).

Не смотря на относительную «чистоту» физико-химических анализов воды из колодцев, оборудование должно также удалять мутность, цветность и бактериальное заражение воды.